Los hermanos Elric, Edward y Alphonse, viven en el pueblo de Amestris con su madre después de que su padre los abandonara cuando aún eran niños pequeños. Años más tarde, su madre muere de una enfermedad incurable y deciden resucitarla por medio de la alquimia humana. Pero el problema es que este tipo de alquimia se sirve del intercambio equivalente y romper esa regla conlleva un alto precio, al tratar de resucitarla Edward pierde una pierna y Alphonse su cuerpo. Para poder salvar a su hermano, Edward sacrifica un brazo para poder sellar el alma de Alphonse en una armadura. Pasado un tiempo, Edward con prótesis mecánicas y Alphonse todavía con su alma atrapada en la armadura, deciden entrar en las Fuerzas Armadas del Estado para que Edward se convierta en alquimista con certificado nacional y así tratar de recuperar sus cuerpos buscando la Piedra Filosofal, que para ellos puede que sea su única manera de recuperar sus cuerpos.