La trama se centra en un neurocirujano llamado Kenzo Tenma, es uno de los mejores en su campo y sale con la hija del director de su hospital. La vida le sonríe gratamente hasta que un día llega una mujer acusándole de haber matado a su marido en plena operación. Al principio Tenma se queda sorprendido ante aquella acusación, pero tras meditarlo recuerda lo que pasó: estaba atendiendo a ese hombre y el director del hospital le dijo que fuera a atender a alguien con más prestigio, lo que le daría más puntos a su hospital.

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De esta manera, Tenma se verá envuelto en una encrucijada moral y profesional por el hecho de que hizo su trabajo porque le pusieron otra operación. Tenma empezará a plantearse su trabajo de otra manera y tal vez cambiará su vida para siempre.

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Una noche ocurre una tragedia: los padres de dos gemelos acaban fallecidos, la niña en estado de shock y el niño con una bala en la cabeza. A Tenma le encargan la tarea de sacarle esa bala al niño antes de que muera, y en mitad de la operación le llaman para que salve la vida de un político. Pero recordando lo que le dijo la mujer, decide ignorar la orden y salva exitosamente al niño.

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Desde ese día la carrera de Tenma caerá en picado por desobedecer las órdenes del director. Un día estando con el niño que se llama Johan, en un momento de frustración, deseó que todos esos médicos que piensan más en la política y en la fama del hospital estuvieran muertos.

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Tenma no se dio cuenta que Johan recibió el mensaje. Así que al poco tiempo esos médicos recibieron su castigo mediante unos caramelos extrañamente envenenados, Haciendo que Tenma ascienda en la jerarquía pero al poco tiempo de ese suceso, los gemelos desaparecen del hospital.

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Entra en acción el  inspector Heinrich Lunge, el cual hace sospechoso de aquel asesinato a Tenma. Lunge es el mejor en su carrera, ningún caso sin resolver salvo el caso del hospital de Tenma. Años después, cuando se enfrío el caso de los gemelos desaparecidos, ocurre un extraño caso.

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Un hombre que quiere cambiar, se topa con un adolescente que parece ser ni más ni menos que Johan. Tenma se queda de piedra tras volver a ver al joven que le salvó la vida y éste le confiesa que el usó los caramelos envenenados para devolver el favor a Tenma. Pero ahí no se queda todo, mata a un hombre que conocía a Johan y vuelve a desaparecer.

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Tenma queda destrozado al ver el joven en el que se ha convertido Johan, se siente responsable y por si fuera poco, Lunge investiga el nuevo asesinato. Tenma le cuenta toda la verdad: sobre lo ocurrido en ese asesinato, lo de Johan, y cómo acabó con la vida del director y los médicos del hospital. Pero Lunge no se dará por vencido, ya que está convencido de que todos estos asesinatos son cosa de Tenma.

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Así que tras unas investigaciones, ponen orden de busca y captura a Tenma por todo el país. Su vida cambiará radicalmente, porque se pondrá de inmediato en un viaje para encontrar a Johan y darle caza y así enmendar el daño que ha cometido por salvarle la vida.

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¿Será capaz Tenma de librarse de las acusaciones del inspector Lunge? ¿Será capaz de limpiar su nombre y conseguir capturar a Johan antes de que cause más estragos o por el contrario fracasará estrepitosamente? ¿Qué será de él ahora?