​Ambientada en la edad media de Japón, el príncipe Ashitaka salva a su pueblo de un malvado demonio que lo destruye todo, pero acaba infectado por éste. Esa infección le mata por dentro lentamente y su única esperanza es ir a buscar el Dios Ciervo, señor de la naturaleza, que puede dar la vida y quitarla a su antojo. Durante el viaje llega a un pueblo donde los humanos están  guerra contra los animales del bosque y se ve envuelto en ella para así encontrar al dios ciervo y conseguir la cura que necesita. Allí conocerá a San, una chica humana que ayuda a proteger el bosque, el lugar donde se crió, y odia profundamente a los hombres por querer destruir el bosque.