La trama se centra en un adolescente de 16 años llamada Kyosuke Date quien tras ser apuñalado por su madre, revive y se convierte en otro ser. Más concretamente en un mutante, alguien que transmuta de cuerpo al mismo tiempo que adquiere habilidades especiales. Eso hace que a Kyosuke se le conozca como SOULTAKER.

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Shiro Mibu es alguien que conoce a Kyosuke y le dice que tiene una hermana gemela llamada Runa, también le explica que hay unas seres llamadas Furikas que son fragmentos de Runa. El objetivo de Shiro es acabar con la corporación Kirihara, el cual se aliará con Kyosuke para hacerles frente. Aunque la corporación Kirihara también busca a Runa y por ello, busca capturar al mayor número de Furikas posible para encontrarla.

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Pero ese no es el único problema al que tendrán que hacer frente, ya que hay más gente implicada. Los médicos y enfermeras de Hospital, así se hacen llamar ya que la gran mayoría son mutantes que tienen el mismo objetivo de búsqueda. Pero una de las enfermeras llamada Komugi Nakahara empatizará bastante con Kyosuke ya que poco a poco sentirá algo especial por él.

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Kyosuke tiene varios objetivos: descubrir por qué su madre intentó asesinarle, buscar a su hermana Runa y al mismo tiempo intentar proteger al mayor de Furikas posibles ya que él no las va a discriminar por ser una parte de Runa. Aquí comienza su cruzada con Komugi y Shiro para hacer frente a estas dos organizaciones mientras resuelve todos los enigmas que les rodean.