Gabriel Logan, más conocido como Wolverine, conoce a una mujer japonesa llamada Mariko. Después desaparece misteriosamente y se dirige a japón para volverse a encontrar con ella. Cuando llega al país descubre que está obligada a casarse con un político llamado Hideki Kurohagi, porque su padre, Yashida Shingen, el líder de una organización criminal llamada Kuzuryu y así formar una alianza. Logan al enterarse de esto, quiere evitar la boda por el bien de Mariko, así que acaba enfrentándose a  Yashida Shingen y sus hombres. Durante su viaje forma una alianza con una chica misteriosa llamada Yukio y también luchará contra viejo enemigo llamado Omega Red.